Eleverne bliver undervist efter Folkeskolelovens § 20.2 og bekendtgørelse om specialpædagogisk bistand nr. 885 af 7. juli 2010. 

Undervisningen omfatter folkeskolens fag og fagområder i forhold til elevens aktuelle klassetrin. 

Undervisningen tilrettelægges på baggrund af den miljøterapeutiske tankegang i hvilken stabile og nære voksenrelationer til få relevante voksne i et overskuelig og fysisk aktivt miljø med klare og enkelte regler, fast rytme og daglige rutiner, der er tilpasset den enkelte unges forudsætninger, er grundlæggende. Undervisningsmiljøet sammensættes således, at der skabes forudsætninger for udvikling af den unges personlige, sociale og faglige kompetencer. 

Der lægges vægt på at undervisningen er kravtilpasset det enkelte barns forudsætninger og nærmeste udviklingszone og tager udgangspunkt i Magnoliegårdens overordnede metoder og tilgang.